三木城跡は、東播磨守護代別所氏の居城でした。天正6年（1578）、織田方が毛利方についた別所長治を攻撃し、三木合戦が始まりました。織田軍は三木城を包囲し、兵糧攻めを行います（「三木の干し殺し」）。同8年、長治ら別所一族が自害して三木城が落城しました。 伝天守台の上に「今はただ恨みもあらじ諸人のいのちにかはる我身とおもへば」と記された長治公辞世の碑があります。

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